方原在福州城逗留了一个月，直到赤古台的军报传来，彻底击溃了郑森的三、四郑军，郑森已率军逃亡出海后，才真正的松了口气。
彻底击溃郑森，意味着玄甲军终于能从福建撤军回南直隶救援。
方原立刻任命步战营副统领冯廷为福建总兵，总管福建的军务，福建卫所投降了三万军士，方原再派驻一万玄甲军步战营军士，一同留守福建。
而施琅的舰队，施琅本人率火炮母舰编队暂时驻守在镇海卫，一面监控金门、台湾方向的动向，一面练兵备战，做好收复台湾的准备。与此同时，调派一艘巨舰，五十艘福船，三十艘中型快船北上，回援南直隶。
纳吉的两、三山地特种营，还有出征的玄甲军士，方原如数的兑现了战前的承诺，分发了十万亩良田作为奖赏。
余下的五十万亩，其中二十万亩作为玄甲军奖励的军田，还有二十万亩则作为福建应急储备的官田。这些军田、官田，方原令冯廷派驻三千玄甲军士守卫。
山地特种营经过实战检验，确实是一支吃苦耐劳的劲旅，方原这次出征福建使用非常的顺手，想着将来或许还能派上大用场，便与纳吉商议，征用其中两万精壮回南直隶，待遇比同玄甲军士。
玄甲军军士的待遇十分丰厚，还有军田奖励分配，纳吉所率的畲人、獠人哪里会不应允？爽快的答应了方原的提议。
方原便将山地特种营纳入玄甲军步战营的编制，纳吉也升任为步战营副统领，归到步战营统领甘辉的麾下。
布置妥当一切，方原才率领六万五千玄甲军士，连同两万山地特种营军士，班师回援南直隶。
方原挂心坤兴公主的安危，实行了三段撤离的方案:其一，方原，赤古台率六千玄甲铁骑星夜兼程的赶回;其二，甘辉率步战营军士，山地特种营随后，沿途军粮补给由当地州府补充;其三，侯承祖率后勤营带民夫，军粮撤回，沿途偿还各州府之前支付的军粮。
方原全力回援南直隶的同时，南直隶各方战场也在恶战不止。
南京城方向，采石矶遭到金声桓所率十万左军，四百艘战舰的猛攻，坚持了一个月，终于失陷，五千玄甲军士，还有五千组织的精壮，战死七千余，余下的三千军士撤回南京城，继续驻守。
南京城告急，景杰立刻调派京口码头的五千玄甲军士立刻回援南京城死守。他又抽调了施福的主力战舰，九十艘战舰顺长江而上，攻打左军的水师，争取切断左军的补给，替南京城减压。
施福的水师与左军的长江水师大战三场，终于击溃左军的长江水军一百三十艘，左军的水师溃退到九江驻守。
金声桓的五万左军刚刚攻陷采石矶，就被切断了水路的支援，只能四下出兵，在南京的诸县劫掠，补充军粮。待五千玄甲军士进入南京城后，金声桓的主力才抢购了军粮，推进到南京城下，开始攻城。
主政南京城的朱慈炤平日里是目空一切，临战却吓得躲在皇宫里不敢出门，连军政会议也不去参加，更不用提前去城墙提振士气。
高弘图、姜曰广等人则采取了隔岸观火的态度，成日在五军都督府，六部的议事大堂开会，算是应付差事。
南京城的守卫，全担在了六千玄甲军，还有王承恩、刘敬、赵明义等人组织的太监、民间壮丁身上。
金声桓围着南京城的十道城门猛攻了一，两个月，还是没能拿下南京城。但南京的诸县已被左军逐个蚕食，百姓损失惨重。
池州府方向，左梦庚的十万左军进入池州府后，分出三万人将池州府治所西安县围了个水泄不通，余下的七万人则开始四下出兵，洗劫池州府。
赵全忠的一万玄甲铁骑并未死守在徽州府，而是出兵攻进池州府，也不与左军主力正面交锋，而是靠着机动性，不断蚕食外出劫掠的左军。
两个月时间，赵全忠与左军大战了十三场，皆大获全胜，斩首一万三千。玄甲铁骑的凶猛，左梦庚是无可奈何，只能合兵一处，五、六万大军直接向推进徽州府推进，想和赵全忠来个正面决战。
赵全忠也不去和左梦庚决战，而是绕道左军之后，直接攻打西安县城下的三万左军，一击而溃，三万左军直接往左梦庚主力这方溃退。
左梦庚机动力不如玄甲铁骑，军粮的补给也跟不上，只能无奈的原地坚守，向左良玉求援。
左良玉再次派出了五万左军支援池州府战局，赵全忠立刻撤回了徽州府，五万左军也再次包围了西安县。左军的军粮补给不上，左梦庚也不敢踏入徽州府境内，只能选择继续在池州府劫掠，筹集军粮后，再强攻徽州府。
战况再次陷入胶着，但时间已过去了两、三个月。
京口码头，兵部尚书张国维、天津卫指挥使费成的朝廷水师沿大运河南下，和高杰的明军水路并进，强攻瓜洲渡。在瓜洲渡遇到了扬州水师、海沙帮战船的顽强阻击。
双方在瓜洲渡大战了一个月，瓜洲渡失陷，朱慈焕率残兵从水路逃回了扬州城驻守。
高杰的五万明军将扬州城围了个严严实实，猛攻不止。而朝廷的水师则继续南下，攻打龙江、京口两个码头。
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