这会儿他才知道孙鑛所言不虚，吴中这地方富庶归富庶，但民众太刁悍了，哪里还敢再进苏州？于是他便转道吴江，不料吴江的百姓也照样聚众鼓噪，情势汹汹，继而他又打算去太仓、无锡……都遭到了同样的对待。张清万万没想到，自己求爷爷、告奶奶，花了大价钱才得到的下江南的机会，不仅没有预想中的称王称霸、大捞特捞，反而成了人人喊打的过街老鼠，叫他怎能不郁闷？
但也不能这么算了，不然自己还不得让人笑话死？跟手下人一合计，说那就去南京吧，怎么也是留都，有衙门有团营，百姓肯定没法乱来。起先也确实如此，但死太监不知收敛，只以为南京的百姓也像北京的百姓那样任人鱼肉呢，于是变本加厉的敲诈勒索，一个月时间，就逼死了十余条人命。
五月里，忍无可忍的南京的百姓诸生一千余人，聚集在都察院署衙门口，击鼓声冤，痛陈张清的种种罪行，要求言官们参奏朝廷，严惩阉竖。
南督御史孙鑨苦涩道：“诸位以为我们没有弹劾此獠么？”便命人将数月以来，南京言官们弹劾张清的副本推出来给诸生阅看，竟有近百本之多。众人惊愕之余，他又道：“京里的阁老、部堂们也不停劝谏，希望皇帝能召回张清等人，安抚东南百姓，”说着重重叹息一声道：“无奈……”后边话打住了，大家也知道他说的是什么。
“本官无能，任官南京数年间，未尝有一善政于百姓。”孙鑨接下来的话，让心凉了半截的众人，又一次热血沸腾起来，只听他说道：“我已经写好了辞呈，准备去骂张清一顿，谁要是也有此念头，不妨同去，责任都算我的。”说着狠狠的骂一声道：“道不行，乘桴于海上，这鸟官不当也罢！”
见素来不苟言笑的孙都堂，竟然爆出粗口，众人欢呼起来，全数跟着他，便转而来到张清的署衙，张清哪里会见他们，赶紧让手下的太监挡住，双方扭打一处，冲突持续了两个时辰，愤怒的南京民众越聚越多，最后聚起了一万余人，蜂拥冲入署衙之中，吓得张清逃匿皇宫，整个南京城的宦官都不敢出门。
情形发展到如此地步，万历依旧不思安抚，而是严令南京守备太监，护送张清周全回京——张清就这样带着掠夺来的金银财宝，安然无恙地回到北京城。虽然迫于压力，万历在没有凑足额定的三百名宫女的情况下，终止了此次挑选宫女的计划。但他并不认为错在己方，而是跟认定了，是因为地方官跟自己对着干，命锦衣卫将不与张清合作的苏州知府李商畊、无锡知府钱守训、推官赵文炜、吴江知县华钰、太仓知县车任重、南京兵备佥事冯应京逮治问罪。而直接导致南京骚乱的南督御史孙鑨，也被押解进京。
孙鑨被关在诏狱时，万历让人送了把宝剑过去……他实在是想借机杀了这个沈默死党，于是耍了个小聪明，让送剑给他的太监传话道：‘你自裁吧。’但当孙鑨自杀了，他又可以矢口否认，说只是赐一把剑而已。自幼被称为神童的万历皇帝，从来不缺乏这种自以为是的小聪明。
谁知孙鑨听了口谕后，便伸出手来。
“干嘛？”太监有些愣了。
“皇上既然要赐死我，肯定要有手谕的。”孙鑨淡淡道。
太监拿不出，支吾着退了出来，后来竟没了下文……
孙鑨便将宝剑悬于腰间，端坐在牢房中，想坐就坐、想卧就卧，谁也不敢靠近……因为他说，这可是御赐的尚方宝剑，杀人不用偿命的！
小样，想吓唬我？还嫩了吧！
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孙鑨等人被关在诏狱，大臣们自然积极营救，内阁诸位大学士，以集体辞职为要挟，终于使万历同意放人，但在谕旨中严厉的明示，只此一次，下不为例！如有再犯，定斩不饶！
万历这次之所以答应痛快放人，并不是他想与大臣修复关系。事实上，君臣之间已经如感情破裂却又无法离婚的夫妻，不过是搭伙过日子，各行其职罢了。真正促成这次赦免的，其实是他的母亲李太后，而李太后之所以退隐多年再理政事，是因为她有孙子了。
当然是万历的儿子。万历十年，八月十一日凌晨，紫禁城启祥宫里，传出一声嘹亮的婴儿的啼哭。恭妃娘娘胎气发动顺利产下一子，这也是万历皇帝朱翊钧，于万历六年春月间大婚，至此四年半时间，所生的第一个儿子。讽刺的是，这位恭妃娘娘，既不是他大婚时的皇后，也不是后来册封的二位娘娘，甚至不是他前年娶的九嫔，而是太后宫里的一个宫女。
却说那日皇帝一早去向太后请安，许是前一次服用春药的效果未散去，他感到了久违的一柱擎天，大清早就饥渴难耐。正好那天太后在礼佛，他便顺手拉了个宫女，就在母亲佛堂的隔壁发泄了一下。
谁知道世上的事儿就是这么扯淡，与他结缡的正宫娘娘，正经办事儿数年都没有怀孕，而这王宫女偷沾雨露，竟奏承祧之功。不出数月，肚子大起来，瞒不住了，李太后终于知道，王宫女本以为这下死定了，谁知道太后娘娘竟然很平静的问明了情况，然后让人拿来《内起居注》一比对，就让人给她换上嫔妃的衣服，然后把皇帝叫过来。
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