宋应昌也不含糊，立刻拱手道：“既是阁老有令，兵部这边立刻会做统计，最迟三日必有答复。”
这件事就算先说到这儿了，高务实又问：“对于甘肃如今战局，不知桐冈兄有何看法？我听说京中不少人认为布日哈图在叶尔羌卧薪尝胆数年，此次统大军来犯，甘肃恐怕顶不住？”
“是有这个说法，而且说起来也不能算是无的放矢，甘肃的情况……”宋应昌似乎想找个合适的说法，但终于只是叹息一声，神色显得有些无力。然而高务实目光灼灼，看来非要听他说明一番。
宋应昌无法，只好苦笑道：“便说这当前急务吧，眼下布日哈图这含恨而来的大军是徐三畏光凭甘肃一己之力所能周旋的么？李制军到底要不要去甘肃？若去的话，调动何处兵马，何处钱粮？调动之后，河套是否会觊觎我陕西空虚？另外，三边总督一旦真去了甘肃，其与甘肃巡抚之间能否妥帖配合？万一有所龃龉，朝廷当如何平衡？”
宋应昌随口一说便提了一大堆问题，这不是他故意找茬，而是甘肃的问题确实复杂，而且这些问题也实在是由来已久。非要说的话，其实从九边体系设立之初，就已经埋下了问题的种子。
明初，出于抵御北方蒙古势力南侵的目的，朝廷开始在北部疆界专设军镇，驻兵防守。至宣德年间，明蒙边界线上建立起了一道绵长而坚固的防线：东起辽宁镇，西至甘肃镇，九个军镇左右毗连，彼此应援。
当时，威胁北方边防的蒙古部落主要驻扎在三处：“一屯河套，近延绥；一屯威宁海子之北，近大同；一屯北口青山，近宣府。”这其中驻扎在河套地区的蒙古部落，乃是陕西三边四镇的主要防御对象。
为了抵御河套地区的蒙古部落，“弘治年间，设总制于固原，联署陕西诸镇”。自此，位于西北地区的延绥、宁夏、固原、甘肃四镇因军事形成了一个共同的防御区域。
在陕西三边四镇军事防御区域里，总制陕西三边大臣负责统一调度。总制陕西三边，管辖陕西、延绥、宁夏、甘肃四镇军务，各镇巡官均受其节制。弘治十年，总制大臣一员初议奏设。同年十月，任命左都御史王越总制甘、凉各边。
彼时，王越所任总制一职并非总制陕西三边，其管辖范围只有甘肃镇的部分地区。弘治十一年，才开始出现“总制三边军务”的官称，但其具体的管辖范围并不十分明确。自王越离开之后，总制一职连续空缺三年。
直至弘治十四年九月，因北方蒙古部落毁坏花马池边墙，抢掠固原、安会等处，兵部推举户部尚书秦纮总制陕西、固原等处军务。弘治十七年，“适虏贼不住套”，因此秦纮召回户部。
此后，总制一职便开始视边情缓急而设。例如弘治十八年，蒙古部落又在花马池北柳杨墩处毁坏边墙，攻陷灵州清水营堡，再度抢掠固原、安会等处。
为此，正德元年任命杨一清为总制，负责管辖陕西、宁夏、延绥。正德十年，陈天祥以提督身份统管陕西三边军务。此后，陕西三边间或由“提督”管辖军务。同年五月，时任提督陕西三边军务彭泽乞休致仕后，陕西三边军务官职再次空缺，这次空缺时间长达五年。
直至嘉靖元年，总制陕西三边一职才再次出现，由兵部左侍郎李钺担任。李钺就职总制一职，其任务是为了处理亦卜剌侵扰一事。
嘉靖二年，“上以陕西事宁，取钺还朝”。嘉靖三年十一月，吏部右侍郎孟春奏设总制大臣两人，一人总制宣府、大同，一人总制陕西三边。
此次陕西三边总制的奏设，主要是为了及时防御吐鲁番的入侵。同年十二月，又将陕西三边总制改设为提督。嘉靖七年八月，总制陕西三边正式确立。嘉靖十五年，将陕西三边总制改名为总督。
自此之后，陕西三边总督负责管辖陕西三边四镇的军务。由此可见，总制陕西三边，自弘治十年初议，至弘治十四年开始成为定制。
在这一时期，总制陕西三边的任务主要是为了防御蒙古部落的南侵。期间，总制陕西三边一直常有空缺，一旦北方蒙古部落大举南下，三边防守告急，朝廷便立即选任总制，集合四镇兵马以作防御。
而当蒙古军队暂时撤退，三边军情稍缓，总制便立即回京复职。而弘治十四年至正德三年间，总制陕西三边大臣管辖范围一直未涉及甘肃镇。
甘肃镇一开始并未加入陕西三边防御区，这与蒙古入侵河套的路径相关。
就整个陕西三边四镇而言，地处西陲的甘肃镇并非是重点防御区。总制陕西三边大臣、三边总督的防守重点最初也集中在花马池一带。因为其地是蒙古部落入侵陕西三边的一个重要入口，所以有规定“三边总督于五六月间，亲临花马池调集延、宁奇游等兵赴平虏城等处并力防御”。
此时，甘肃镇在整个陕西三边军事防御区中处于配角，主要的作用不过是援助陕西、延绥、宁夏三镇。直至正德四年，由于经甘肃镇叛逃，占据西海，甘肃镇才被正式纳入总制陕西三边管辖区域。
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