1960/61赛季马德里竞技表现良好，但是还是排在皇家马德里之后屈居联赛第二。富有戏剧性的是61年的国王杯决赛又是在皇家马德里和马德里竞技这对同城死敌之间展开，幸运之神再次眷顾了马德里竞技，他们以三比二又一次战胜了皇家马德里。
这之后一直到1962年以前，球队战绩稳定在西甲三甲之列，当年的进攻核心球员还获得了西甲最佳球员称号，但是马德里竞技期望能够赢得更多，期望在欧洲赛事中获得好成绩。他们厉兵秣马备战第二届欧洲优胜者杯，充分的准备加上强劲的实力让马德里竞技一路过关斩将先后战胜各国强队后与上届优胜者杯得主意大利的佛罗伦萨在欧洲优胜者杯决赛会师。
马德里竞技保持了他们一贯善打硬战的传统，虽然场面不占优势，但马德里人在依旧苏格兰格拉斯哥以一比一顽强逼平对手，择日重赛马竞在德国的斯图加特以三比零横扫佛罗伦萨，把第一座欧洲赛事奖杯带回了俱乐部的荣誉室。
在这个巨大胜利之后，马德里竞技在1962/63赛季仍然获得了第三名的成绩，而他们又一次以杯赛冠军的身份杀入欧洲优胜者杯。一切好像上一届的翻版，马德里竞技一路横扫诸强来到了决赛地鹿特丹，1963年5月15日马德里竞技在这里迎战决赛的对手英格兰的托特纳姆热刺，也许是一路打的太顺，也许是荷兰靠近英国英格兰球迷助威的威力更大，马德里竞技在决赛中表现失常，以一比五败下阵来，痛失优胜者杯卫冕的大好机会。
1964年年初俱乐部乘热打铁决定建造一座球场，但是球场的建造和前几年巨额的投入也拖累了俱乐部的财政，俱乐部不得不进行主席改选。1964年初马德里竞技俱乐部历史上最伟大的主席临危受命，而他开创了马德里竞技的黄金时代，在之后的十六年里，俱乐部在他的带领下夺得了四座联赛冠军奖杯，两次联赛亚军，三座国王杯冠军奖杯和无限接近冠军的那次欧洲冠军杯亚军，球队还夺得了1975年的洲际杯冠军。
而这时俱乐部历史上的另一重要人物阿拉贡内斯从获得联赛季军的贝蒂斯来到了马德里竞技，这个后来为马德里竞技效力十一年，出场二百六十五场攻入一百七十五球的传奇巨星成为了马德里竞技重新崛起的支柱，虽然这两位后来对马竞俱乐部产生深远影响的人物同时加入了俱乐部，但是刚开始时，这一系列的变动还是影响了球队的成绩，1963/64赛季马德里竞技排名第七。
1965/66赛季马德里竞技凭借杯赛冠军的身份参加了欧洲优胜者杯，但遗憾的是在四分之一决赛中被多特蒙德击败，告别了当年的优胜者杯，但是全心投入的联赛的马竞显示出异常强大的决心，他们以巨大的优势毫无悬念的夺取了当年的西班牙甲级联赛冠军。接下来的一个赛季，马竞为卫冕的压力所困，虽然时不时的能够为球迷献上几场精彩的攻击战，但总体球队的表现不够稳定，起伏很大，最终球队仅仅获得第四名。
1967/68赛季开始以前俱乐部将球队的明星射手、为马竞夺得66年西甲冠军和61、65年2届国王杯冠军的功臣卖给了巴塞罗那，遭到了球迷的强烈抗议，在这种不和谐的声音下，马德里竞技仅仅获得当年的联赛第六，而接下来的一个赛季也是第六，马竞仿佛又开始低迷。
1970/71赛季球队获得了第三名的成绩，在欧洲冠军杯半决赛败给了阿贾克斯。1971/72赛季马德里竞技获得了联赛第四名，但是倔强的马竞顽强的杀进了当年的国王杯决赛，在7月8日对阵获得联赛亚军的瓦伦西亚比赛中相遇，双方为国王杯冠军放手一博，马德里竞技俱乐部开场就攻势十足，但是瓦伦西亚也是寸步不让，双发打了一场精彩的对攻，而最终马德里竞技队获得了球队历史上的第四座国王杯奖杯。
1972/73赛季马德里竞技蝉联西甲冠军，这是俱乐部历史上第七座西甲冠军，在夺得联赛和杯赛两冠之后，俱乐部步入黄金时期，他们已经不满足于称霸西甲，开始觊觎欧洲最高荣——欧洲冠军杯，1974年马德里竞技一路冲杀与足球皇帝贝肯鲍尔和轰炸机盖德.穆勒领军的拜仁慕尼黑在欧洲冠军杯决赛会师。
决赛在比利时的布鲁塞尔举行，双方为了争夺从未染指的冠军杯，都打的极为小心谨慎，双方九十分钟打成零比零，加时赛上半场依然沉闷，下半时风云突变，当比赛已经进行到加时赛第一百一十四分钟，球队灵魂阿拉贡内斯忽然挺身而出，在拜仁的右侧大禁区附近博得了一个任意球，只见他冷静起脚，皮球绕过人墙迅速下沉钻进了球门的左下角，对方的守门员甚至一点反应都来不及作出就目送皮球入网。
然而上天未能眷顾马德里竞技的努力，就在即将吹响中场哨之前，拜仁将比分扳平，两队不得不择日重赛。在重赛中马竞在的拜仁强攻下零比四大败，也失去了和欧洲冠军杯最接近的一次冲击，那个赛季马竞在联赛中获得了亚军。
1974/75赛季马德里竞技满怀希望冲击西甲联赛冠军，但过于急躁的心态最终使他们仅仅得了六名，不过他们杀入了国王杯决赛，对手依然是皇家马德里队，但是这次马竞没有延续他们国王杯中对战皇马的好成绩，最后屈居亚军。这个赛季由于欧洲冠军拜仁慕尼黑弃权，马德里竞技作为亚军参加了日本举行的洲际杯赛事，经过两个回合的激战，马竞以三比零的总比分将独立队斩落马下，在荣誉室的最高处放上了洲际杯。
这也是马竞目前为止最高的一项荣誉了，而在此之后的马竞也是沉沉浮浮，时强时弱。
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