而商毅想了一想之后，终于还是决定，暂时不去进攻日本，而是先把国内的战场打好再说，虽然这次进攻曰本只用出动海军，但目前海军也有要守卫南京政府的沿海地区的重要任务，不能轻易远派。
另外一点，现在荷兰商馆的人员虽然已经完全撤离了中国，但并没有全部返回巴达维亚，有一批人去了台湾，虽然商毅随后又向盘距台湾的荷兰人发出了最后通谍，限令他们在十五天以内，必须全部撤离台湾，将赤嵌城和热兰庶两城全部移交给驻守台湾的沈寿崇接管，但商毅也估计荷兰人绝不会老老实实的听话回家，一定还会想办法扑腾几下，因此也不得不防。
虽说荷兰人在台湾并沒有多少实力，全部的兵额也不足七百人，能够控制的区域也是极小的部份，而且台湾当地的土著大部份都倾向于中华军的统治，因此也翻不起多大的浪来，只靠在台湾的驻军和民兵虽然不足以将荷兰人从台湾赶走，但也足以将荷兰人牢牢困住，耗也耗死他们。并不需要商毅增加兵力。
但荷兰人一定会向巴达维亚方面救援，尽管现在荷兰人在巴达维亚的兵力也不多，但也不能不防，毕竟这个时代的荷兰海军可不是西班牙、日本、清廷这些国家可比，可以说是目前世界海军实力最强的国家，“海上马车夫”这个名字，可不是白叫的。
商毅知道在另一时空里，郑成功收复台湾时，就是釆用困守的办法，而且荷兰的巴达维亚当局也曾派出军舰军队，来救援台湾，只不过当时郑成功是几乎集中了自己水陆两军的全部力量攻台，这样才以多胜少，击败了巴达维亚的援军，最后终于困得荷兰人内忧外绝，不得不投降，结果也成功的收复了台湾。
而现在商毅只能依靠海军的力量，不仅可能要以武力驱赶盘距台湾的荷兰人，同时还要准备阻击巴达维亚的援军，显然要比另一时空里的郑成功要吃力得多。
另外商毅还有一个应急的计划，就是现在海军中，还有相当一部份陆战部队，大约可以整编出两到三个师的兵力，而且这一批军队不同于新编的军队，不仅平时的训练严格，而且在经过了历次海外作战之后，己经俱有相当的作战经验，战斗力相当强，因此如果中原战场的兵力吃紧，商毅还打算从海军中抽调出一倍兵力出来。因此在这个时候，海军只能进行近海作战，而绝不可以轻易发动远征。
于是最终统战部决定，海军的各分舰队仍然驻守各自的防区，巡守近海，防止有敌军从海上袭击。同时又命令海军各分舰队的陆战士兵都要做好准备，随时都有可能被抽调上岸作战。
就在这时，从台湾传来消息，今年刚刚上任的荷兰台湾大员长官费尔勃格拒绝商毅发出的最后通谍，拒绝退出台湾。于是商毅也立刻下令，命驻守台湾的沈寿崇马上出兵，向荷兰人发动进攻，并且又命第三分舰队从海陆两路，配合沈寿崇作战。
同时商毅又下令，驻守吕宋的第六分舰队，严密关注巴达维亚的动静，并且在海面上打劫荷兰商船，以牵制巴达维亚的力量，使巴达维亚当局无法援助台湾。
最后商毅又下令豫南战场的成进和李定国，尽快消灭被围的阿济格，力争早日打开中原战场的僵局。
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