就在第一军向广徳州发动正面强攻的时候,第三军也向镇江府发动了进攻。
镇江府紧靠南京东面，现在江北的滁州、和州都被商家军占领，不仅挡住了南京西面，而且也成为商家军凸入清军势力内的一把利刃。而镇江府的位置也有相似之处，正好位于扬州府的正对岸，就仿佛在商家军的地盘内，硬生生挖出了一块地方来，双方几乎呈一个犬牙交错之势。
清军在镇江府的防守比广德州更为严密，守卫的兵力达到了三万余人，同时因为镇江离南京较近，因此清军救援镇江，也比广德州更快，最多两天时间，清军的援军就可以赶到了。
而且付责进攻镇江的商家军第三军，是在江南、江北战场上实力最弱的一军，而且全军有相当一部份都是特殊殊兵种，主要的作用是配合其他部队作战，因此也不可能像第一军那样，向镇江直接就发动强攻。好在这一次的主要目标是攻取广德州，并不是一定要攻下镇江，目地只是为了演练一下，水陆两路夹攻一座城市的战术，同样也是为了下一步收复南京积累验经。
杨武丞率军沿着运河进攻，沿路攻取了奔牛镇、吕城镇、小河寨、包港等处，然后直扑镇江南面的丹阳县。
杨武丞指挥着商家军，向丹阳发动了进攻。丹阳县也位于运河边上，是从常州进攻镇江的必经之路，淸军在这里驻守了一万兵力，同时也配备了大量的火器。同时也修筑了大量的防御工事，守卫十分严密，再加上第三军也确实不善于打攻坚战，因此商家军一连进攻了二天，但都并没有多少收获。
就在杨武丞进攻丹阳的时候，黄震带领着刚刚成立的长江舰队，也从通州起航，这一次因为是在长江下游作战，而且又是长江舰队第一次出战，因此黄震也把三支分舰队全部都带出来了，大小一共近百艘船只，排成长长的船队，浩浩荡荡逆江而上，向镇江出发。
等船队到达镇江附近的时候，杨武丞仍然带领着部队还没有攻下丹阳，因此黄震也下令船队，就在江中的江州停泊，等待着丹阳的消息。
而就在这时，黄震也收到了商毅的命令，原来统战部己经收到从南京发回来的情报，淸军己经出动援军，这次援军是由多铎和洪承畴亲自带队，也是分为水陆两路，赶来来救援镇江。陆路援军由多铎率领，水路援军是由洪承畴带领。
鉴于现在第三军仍然受阻于丹阳县的局面，商毅命令长江舰队出击，先击败清军的水军，挫动清军的士气，然后逆江而上，直接去进攻南京，迫使多铎从镇江府撤军回援。
因此黄震接令之后，立刻就下令舰队起航，去迎战清军的水军。
原来得知商家军两路出击，分别向广徳州和镇江府发动进攻以后，多铎也和洪承畴商议，现在清军的整编工作尚未完成，不可能同时对广徳州和镇江府进行大规模救援，只能从中选择其一，倾全力相救，而另一路就只能放在次要的位置。
镇江府的战略价直和重要性显然都在广徳州之上，自然也是首先救援镇江府了。而两人也打听清楚了，这一次商家军进攻镇江府，是水陆两路并进。洪承畴到了南京之后，主要的精力是组建清军的水师，现在水师己经初俱规模，在南京龙山船厂，驻扎有大小船只三百三十余艘，因此也觉定同样是水陆两路并进，救援镇江府。
两人立刻分兵，多铎率领四万大军，从南京出发，为陆路援军，而洪承畴也和清军的水军统领刘梦蛟，带领着龙山船厂的所有战船，从长江顺流而下，为水路的援军。
清军的船厂行驶到离镇江还有二十多里的高资镇附进的江面时，双方的前哨战船相遇。商家军向前哨船队一共有七艘战船，分别是，四级驱逐舰一艘，五级护卫舰二艘、三百料以下战船四艘。而清军前哨船队一共有十二艘战船，分别是五百料战船一艘，三百料战船四艘、二百料战船五艘，一百五十料战船二艘。
双方相遇之后，立刻各自派遣一艘战船回去向大队报信，然后准备战斗。在这一段江面上没有江中州，正适合作为水战的战场。当然商家军的战船是主动上前讨战，而清军是被迫应战。其实清军并不想打，只是现在双方己经碰了头，清军现在是顺水，一但调头就成了逆水，显然是来不及了。只能硬着头皮打了。
虽然现在只剩下六艘船，向商家军的战船立刻调整位置，排成了一个纵队的队型，拥有四十八门火炮，火力最强的驱逐舰奎木狼号打头，而分别拥有三十门火包的护卫舰萧山号和拥有二十六门火炮的扩卫舰余杭号分别排在第三、五位置，在其间各夹着一艘只装配了两架管风枪的三百料小船。然后以“之”字型的航线行驶，向清军的战船逼近过去。船上的士兵水手也都做好了战斗的准备，所有的火炮也都填装好了弹药，打开了侧舷的炮孔，将炮口伸出了船舷，只等着清军的战船进入射程中。
而清军的战船则是三前八后，排出一个雁形，在江面上横向展开，顺着江流，向商家军的战船靠近过去。清军的战船中，五百料战船装配了四门火炮，三百料战船装配了两门火炮，而且全都是在甲板上，这时也都填充好了弹药。而甲板上的士兵们也都纷纷弯弓搭箭，在每支羽箭的箭尖，都绑着一个小圆纸筒，里面装着的都是火药，清军的战术依然还是靠近，火箭燃烧，跳邦作战。
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