鲁南战役结束以后，商毅下令，留下王信的笫三师分别驻守淮安府和扬州，罗远斌的第四师驻守泗州,其他人马返回浙江驻扎，并将这一胜利的消息发向南京。
这时南京的动乱也终于被平定了下来，南明的南京朝廷总算是慢慢的开始恢复了正常状态，并且能够得以继续运行下去。
原来在史可法带着商毅上疏回到了南京的时候，南京还是一遍混乱，城中暴徒到处滋事，打架抢劫从来就没有停止过，百姓伤亡己达数千人，南京的守备勋臣赵之龙手下虽然有好几干士兵，但每天都躲在府里，只派士兵把守备府保护得水泄通。
要不史可法回京时还带着心腹大将史德威和商毅送给他的一个营的卫队，差一点都进不了南京城。而进城之后，只家家户户，关门闭户，买卖商铺也都停止营业，街头巷尾几乎空无一人，不时还可以看到地上躺着百姓的尸体，若大的南京城显得死气沉沉。
而在朝中，跟本就无人理事，另外南京城外的黄得功和刘良佐都己连上三份疏本，向朝廷质问马士英的死因，而且言词也越来越激烈，官员们只顾着互相争吵指责，推御自己的责任，整个朝廷几乎成了一个乱摊子，吴甡虽然想维持大局，但也是有心无力。
幸好这时史可法回京，也给朝廷上下打了一针强心剂，毕竟这时江淮战役中，史可法也一直坚守在扬州，在胜利之后也获得不少威信，因此大部份官员也都盼着史可法能够拔乱反正，恢复南京的秩序。而朱由崧也立刻加封史可法为兵部尚书并出任内阁首辅，马上整顿南京的秩序。
到底是经过了生死的战场，史可法总算是也学到了一些决断之力，首先立刻代商毅上奏给朝廷，并向整个南方宣布商毅对南京朝廷的支持态度。然后严令南京城中的百姓严守秩序，又把商毅给他的一个卫队营分成四部，在南京城中抓捕暴徒，敢拒捕者一率当场格杀，然后又强命令赵之龙,命他立刻分派人马，维持南京秩序，否则就撤职另选他人。
赵之龙这回也不敢不从了，只好调动人马，在南京城中巡逻搜查。而商家军也狠狠打击了几伙暴乱势力，结果只用了二三天时间，立刻使南京的秩序大为改观。
随后史可法又只身亲往驻守芜湖的黄得功大营，对其晓以大义，安抚黄得功部的军心，并声明朝廷只诛马士英一人，绝不牵连其人，让黄得功放心。
黄得功对史可法到是还有几分敬意，而且现在也知道商毅的上疏內容,看来商毅是支持南京朝廷的，又得到了史可法的保证，不会受马士英的牵连，因此也马上向史可法表示，自己绝无反心，原意继续为南明朝廷尽忠，并马上上表南京，说明自己对诛杀马士英的支持，表达自己的忠心。
随后史可法又赶到刘良佐的大营，见黄得功已经被史可法劝服了，刘良佐自己也不再硬抗下去，其实他们两人这一番闹滕并不是想为马士英翻案，而是为自己争取最大的利益,既然这个目地达到了,刘良佐自然也就见好就收,也学黄得功一样上疏表忠心。
安抚住了黄得功和刘良佐，史可法这才又回到南京。最大的外部危胁也解除了，南京城里的秩序也在逐渐的恢复，官员们这才都松了一口气，总算是熬出头来了。下一步也就是恢复朝廷的秩序和运作，首先是确定内阁人选，首辅已由史可法出任，原来的两名阁臣吴甡以次辅兼任户部尚书，钱谦益兼任礼部尚书。
而被马士英罢职的一批东林党人，也都陆续纷纷被招回朝中，又选了高弘图和黄崇羲入阁理事。姜日广出任吏部尚书，候恂出任刑部尚书，王铎为工部尚书，黄道周、张慎言分别任都察院左右都御史，复社四公子这一次也都入朝为官，候方域任礼部待郎，方以智任少詹兼侍读，陈贞慧和冒避疆出任御史，就连林之湖也弄了个户部员外郎，比以前的主事到是升了一级。
对这些人选任命朱由崧到是言听计从，一一照办，显得十分配合，这样一来朝中的主要位职几乎全由东林党人出任，既使有些位置不是东林党，但也没有所谓的奸邪之徒了。
而就在第二天，候方域就上疏內阁，指出马氏虽诛，余党犹在，要求朝廷查除马士英的余党，这一建议也得到了许多人的支持，除了候方域的另三名好友，还有张慎言、黄道周等人，也都主张彻底淸查马党余势。
但这份上疏很快就被內阁驳回，史可法代表内阁答复，朝廷己经言明，只诛马士英，不牵连傍人，不可出尔反尔，而且马士英本无党阀，不必清查，同时以后此事也不可再论。
其实候方域上疏之后，在内阁里黄宗羲是主张照办的，严查马士英的余党，但史可法、吴甡都坚决不同意，因为史可法也记得商毅劝告，现在正是多事之秋，凡事当以稳定为主，以备战守地为重。吴甡也十分赞同，而且马士英出任首辅的时间只有一年，还没有来得及大范围安插自己的班底亲信，因此马党除了阮大铖之外，到还没有多少有份量的人物，现在阮大铖也己被逐，马党实际己烟消云散了，就算有少许余党，也都是无足轻重的小角色，翻不起大浪，一但继绫追查，扩大打击面，难免有人会公报私仇、连累无辜。使朝廷又陷入混乱，而且又会牵扯朝廷的大量精力。
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