在这个时候，吴甡才上奏，推荐这时在杭州闲居的原山东布政使孟宏恭出任山东巡抚。虽然马士英知道孟宏恭是商毅的一伙，但现在也确实是无人可派，因此也只好顺水推舟，同意了吴甡的建议。
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甴孟宏恭出任山东巡抚，当然是商毅早就计划好的，把山东巡抚这个位置抓到手里，就可以名正言顺在山东地区施发号令。而孟宏恭也有很不错的管理地方的实力，由他和周少桓合作，是应该能够把登莱的局面稳定下来。
现在孟宏恭到是看穿了，南京朝廷根本就是成事不足，败是有余，相反跟着商毅混，说不定还能另谋一个出路，反正女儿也嫁给了杨武丞，自己也算是商家军的一份子，干脆就跟着商毅走到底。他对商家军的战斗力还是很有信心的，而且实在不行了，还可以从海路逃走，因此对去山东上任并没有什么不愿意。
因此接到南京的圣旨之后，孟宏恭立刻向商毅、还有女婿、女儿告别，从海路登程出发。而商毅也派出第二支船队，随孟宏恭一起出发，除了运送物资以外，还请周少桓组织一部流民迁移到浙江来，准备向台湾移民定居。
随圣旨一起来到杭州后，还有吴甡的一封信，是请商毅帮忙，调停高杰和黄得功之间的争端。
原来现在不仅仅是南京一团混乱，江北四镇也用样是混乱一团。首先是高杰到徐州上任时，因为贪图扬州繁华，想顺手把扬州也划入自己的防区，于是要求进入扬州安置家眷，方能前往徐州。但高杰的名声实在太差，扬州士民们一听他要进城，立刻把四城紧闭，防贼一样紧守，不让高杰部队入内。高杰自然震怒，勒兵攻城，连攻数日，居然攻扬州不下。
而这时刘泽清和黄得功也都看不过眼让高杰独占扬州，于是两人同时上书南京朝廷，一个要求领军保护扬州，另一个弹劾高杰，请朝廷治罪于他，当然都是醉翁之意不在酒。
眼看着三人就要展开一场争斗。幸好这时史可法奉旨督师江淮，从中周旋，好说歹说，而高杰也自知理亏，也就借梯下墙，接受了史可法的调停，不再要求进驻扬州而改驻瓜州。史可法也把扬州作为自己督师江北的总镇，当然也是为了好管住高杰。
扬州风波就这样算是免强平息了下来，但太平日子沒几天，刘泽清在淮安又闹出事情，因为朝廷在设制四镇时，符于了他们在当地自征钱粮的权力，而刘泽清却借机纵兵行凶，在各个村落大肆劫掠，也使淮安各地叫苦不迭，纷纷向史可法投述。因此史可法只好又赶到淮安去制上刘泽清。
那知是按下葫芦瓢又起，史可法前脚刚走，高杰一没人看着，立刻就又出了问题，和黄得功打起来了。
事情的经过是：和黄得功同宗的总兵黄蜚想入南京觐见弘光帝，怕在途中为高杰、刘良佐等人劫掠，就写信给黄得功，让他接应一下自己。于是黄得功率三百精骑出迎，但至距邗关五十里以外的土桥时，遭到高杰的袭击。尽杀黄得功三百精骑。幸亏黄得功本人颇有些勇力，才得以只身逃免。而高杰乘胜，又趁黄得功离镇，派大兵进袭黄得功驻扎的仪征，结果被黄得功的部下打得大败而逃，千余人被歼。而等黄得功回到仪征之后，自然起兵报复，于是，两人各自整军备马，意欲仇杀。结果史可法还没赶到淮安，又赶忙调头回来。
吴甡在南京得知之后，也是觉得头大如斗，又不忍心看着史可法这样疲于奔命。只好写信给商毅，请他帮史可法一把。
商毅接信之后，也哭笑不得，他当然不会去趟滩浑水，只是给黄得功和高杰分别去信相劝。
黄得功和高杰对商毅还是有几分忌惮的，而且这时史可法也赶到仪征，苦劝苦说，并且自己出银偿补黄得功马价，黄得功才勉强接受。而高杰也自知理亏，受史可法劝说，又送千金与黄母作寿陪罪，同时史可法又怕两人再火拼起来，只得调黄得功移驻庐州，派高杰移镇徐州。才算把这场风波免强又平定下来。
而商毅得知黄高罢兵，也松了一口气，现在他可没空来管这些事情，因为西班牙的使者己经到杭州。
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