剧情主线想必大家都是知道的，人类面临第二次冲击，具有超高破坏性的“使徒”入侵，而人类使用了人形战斗兵器EVA来应对攻击，然而这种兵器需要由人的意志来操控，所以不是人人都能够被选中。人类的希望则是被寄托在绫波丽、碇真嗣和明日香身上。首先要说明一下几个生物，第一使徒亚当，外形与EVA很像，拔走朗基奴斯枪后会暴走，后来被SEELE还原到胚胎状，他和莉莉丝是生命之源，人类、EVA、使徒都是由他们所生，这些想法应该源自圣经。而莉莉丝钉于地下最深处中央教条十字架，当她再次觉醒时就会发生第三次浩劫，所有的生命都将回到她体内，变成个体。也是零号机和初号机的原型。名字来源是犹太教传说中亚当的第一任妻子莉莉丝，所以在《EVA》中运用到很多宗教的元素。
现在就来说说这个贯穿主线的「人类补完计划」。首先，SEELE的「人类补完计划」是以死海文书为剧本来执行的，死海文书是记载了亚当、使徒、莉莉丝、人类的来源以及未来，也有预言的作用。SEELE则是人类补完委员会，成员共计12名，再加上碇元渡则一共13名。那么，为什么SEELE要启动这个「人类补完计划」呢？这些老人在漫长的时间里对人类开始产生了轻蔑的想法，并且在学习了圣经中人类是带着原罪出生的状态后，这种情绪与日俱增，想让人类得以进化却苦于没有引导。这时，死海文书就顺理成章的成为了纲领性文件，因为在它的预言中，说到了人类将被补完，集体回归莉莉丝，之后就可以统一为一体，产生新的进化生命体之类的言论。于是，SEELE这些腐朽者就把这个实则是毁灭地球和人类的说法作为救命稻草，成立了NERV，启动了「人类补完计划」
现在就来说说这个贯穿主线的「人类补完计划」。首先，SEELE的「人类补完计划」是以死海文书为剧本来执行的，死海文书是记载了亚当、使徒、莉莉丝、人类的来源以及未来，也有预言的作用。SEELE则是人类补完委员会，成员共计12名，再加上碇元渡则一共13名。那么，为什么SEELE要启动这个「人类补完计划」呢？这些老人在漫长的时间里对人类开始产生了轻蔑的想法，并且在学习了圣经中人类是带着原罪出生的状态后，这种情绪与日俱增，想让人类得以进化却苦于没有引导。这时，死海文书就顺理成章的成为了纲领性文件，因为在它的预言中，说到了人类将被补完，集体回归莉莉丝，之后就可以统一为一体，产生新的进化生命体之类的言论。于是，SEELE这些腐朽者就把这个实则是毁灭地球和人类的说法作为救命稻草，成立了NERV，启动了「人类补完计划」。
为什么在「人类补完计划」中要保护人类对抗使徒？
其实，SEELE制造了第二次冲击，就是为了让亚当胚胎化从而将他雪藏，不让使徒找到他，因为如果使徒找到了亚当就能首先得到补完，而全人类就要面对被当作祭品的命运——人类全灭。通过第二次冲击，虽然牺牲了一半的人类，但是剩下的人类却能够幸存下来。所以，后来NERV对使徒的击杀在一定程度上也保护了人类。然而，在渚薰死亡之后事情却产生了变化，渚薰的死代表了使徒的全灭，人类终于不用担心被全灭，可是SEELE却依旧坚持「人类补完计划」，他们很清楚这么做意味着人类的灭亡，而这种行为等同于从使徒手中拿过了接力棒，正式蔑视人类的生命。而动画的结局也就是人类最终回归莉莉丝的场景。
观影顺序：如果有大大看了书，想去重温一下剧情，可以按照这个顺序：
先看TV前24集，然后剧场版死与新生（总结向），然后TV剩下的两集，不过这是个烂尾的伪结局，真正的结局在真心为你那部剧场版里，这些看完以后就依照序，破，Q的顺序看新剧场版了
朗基努斯之枪是日本动漫《新世纪福音战士》中的一把武器。生命之树最终生出Adam（亚当）和Lilith（莉莉丝）。此二为世界雄体和雌体的最高形式。46亿年前，地球形成，亚当的躯体存在于“白之月”（象征17使徒的地下正球体空洞，使徒从此诞生，获得生命果实，拥有强大的生命力、战斗力），最初，位于南极洲。
40亿年前莉莉丝随一块陨石撞击地球（月球因此形成）撞击坑就是“黑之月”（象征人类的地下正球体空洞，人类从此诞生，获得智慧果实，拥有智慧、科技）17个使徒获得了生命之果，拥有了完整的形体（即S2机关，可以不进食生存，自我再生）。
人类获得了智慧之果，可以形成智慧文明。因为没有足够的A.T.Field.无法维持统一的形体。便化成分散的形体，即人类。生命之树就此瓦解。剩余的部分根须，便化成了朗基努斯之枪，而在此之中，朗基努斯之枪也就是后来的“弑神之枪”，唯一可以直接穿过A.T.Field并有效杀伤使徒的武器，在后来的剧场版中有其复制品出现（复制品拥有同等的破坏力但是不能参与补完计划的仪式）并成为EVA量产机第一武器，而明日香的二号机也毁于量产机的长枪之下。
动画中绫波丽曾用朗基努斯之枪穿透鸟天使的A.T.Field并将其击毁，阻止了它对明日香的精神攻击。
以上是出自于动画中的朗基努斯之枪。
我在写的这本书，有关于朗基努斯之枪的设定与原著有着很大的区别。
毕竟这是一本同人，您要是觉得原著好，咱们也没办法啊。
我的朗基努斯可是圣枪……又不是一次性道具……
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