明堂之争爆发后，三雍宫的建设随即搁置，但为了不影响重建长安城的进度，长公主以天子名义下旨，拜左车骑将军徐荣为营都大监，将作大匠董昭为营都副监，于秋收后开始征调民夫建设未央宫和修缮长安城墙。
三雍重建关系到礼制问题，礼制问题又和汉祚的命运息息相关，持“今礼”和“古礼”两种观念的大臣们各不相让，朝堂上的争论日复一日。
从争论双方的官吏来看，坚持“今礼”，坚持九室明堂制的大臣们多在外朝，如丞相蔡邕、太尉荀攸、御史大夫刘和、宗正杨奇、廷尉张邈、太仆孔融、将作大匠董昭、光禄大夫钟繇、司隶校尉陈宫等公卿大臣，他们态度明确，没有丝毫妥协的余地。
坚持“古礼”，坚持五室明堂制的大臣们多在中朝、内朝，尚书令崔琰、中书监陈群、侍中孙资等人也是据理力争，至死不让。
外朝和内朝再次针锋相对，朝政受到了严重干扰。
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长公主在此事上的态度非常慎重。三雍毕竟不是一座建筑，它代表着礼制，是大汉社稷的象征，采用何种明堂制度关系着社稷的长治久安，不能随随便便做出决定，朝堂上的争论是必需的，必要的。
三雍的建设，从孝武皇帝开始，到孝平皇帝元始四年建成，其中历时一百多年，中间经历了无数次的争论，很多大臣、儒士甚至为此付出了生命。光武皇帝中兴后，三雍建设也数次反复，直到中元元年（公元五十六年）才正式建成，可见确定礼制的难度之大。
如果采用“古礼”，在三雍建设中采取五室明堂制，那么朝廷的典章制度就要以《周礼》为基础。
（《周礼》原名《周官》，相传为周公旦所作，本朝古文经学大师刘歆始称其为《周礼》，《周礼》分天官、地官、春官、夏官、秋官、冬官六篇，六官象征天地四方六合，体现了“以人法天”的思想。汉时冬官篇已亡，汉儒取《考工记》补之。）
如果采用“今礼”，在三雍建设中采取九室明堂制，那么朝廷的典章制度就要以《礼经》为基础。
（传说《礼经》为周公制作或孔子订定，近人认为这是春秋战国时一部分礼制的汇编，成书应在战国初期至中叶，即是汉时“五经”中的《礼经》。《礼经》分《士冠礼》、《士昏礼》等十七篇，详尽叙述了上古贵族生活各种主要礼节仪式。）
《周礼》为古文经学家所推崇，《礼经》为今文经学家所重视，“古礼”和“今礼”之争，五室明堂制和九室明堂制之争，在某种程度上也可以说是今、古文经学之争的延续。
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今日朝廷的官学是“新经”，是马融、郑玄等一批经学大家历经数十年、数代人的研究后，融合了今、古文经学两家之长的新经学，在“新经”中，郑玄大师第一次提出了“三礼”之名，认为“三礼”应该并重，要互相取长补短。
（所谓“三礼”，就是《周礼》、《礼经》和本朝经学大师戴圣所编的《小戴礼记》。《礼记》是秦汉以前儒家各种礼仪著作选集，大都为孔子七十子后学所记，有《曲礼》、《檀弓》、《王制》、《礼运》、《中庸》、《大学》等四十九篇。《礼记》反映的基本内容多系先秦古制，亦录有一些孔子言论或其弟子对孔子思想的发挥，但也有个别篇章为秦汉儒生所撰。）
“新经”虽然提倡“三礼”并重，但在明堂制度上，郑玄大师曾在《驳许慎五经异义》中有过精彩驳论，他认为五室是周人的明堂制度，九室是秦人的明堂制度，五室明堂制度要远远早于九室明堂制度，也就是说，郑玄大师有明显的五室明堂制度的倾向。
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其实，“新经”对古文经学本身就有明显的倾向，这是因为今文经学自光武皇帝后，经过两百多年的发展，已经和谶纬之学紧密联系在了一起。
光武皇帝以符瑞图谶起兵，称帝后崇信谶纬，宣布图谶于天下，谶纬之学遂成为本朝重要的学术思想组成部分，具有很高的权威。流传在世的《易纬》、《书纬》、《诗纬》、《礼纬》、《乐纬》、《孝经纬》和《春秋纬》等“七纬”也成为儒士必修的典籍。谶纬的流行，导致朝廷在用人施政、各种重大问题的决策上，都要依谶纬来决定，而对儒家经典的解释，也要向谶纬看齐，这大大推动了本朝经学的神学化，如此同时，谶纬也导致了天人感应、阴阳灾异等思想在本朝的严重泛滥。
谶纬说白了，就是人为制作，是凭空臆想出来的，它可以被一些居心叵测者利用，拿来散布改朝换代的预言，这在最近十几年表现的尤为明显，“代汉者当为涂高”等谶纬一度传遍了州郡各地，所以张温、马日磾（di）等大臣到了北疆后，曾一度奏请朝廷禁绝谶纬，收缴谶纬书籍，但因为今文经学势力庞大，根基牢固，成效甚微。
今日朝廷如果在三雍建设中采取五室明堂制，以《周礼》做为朝廷典章制度的基础，在“新经”中更倾向于采纳古文经学的治国理念，那么，今文经学将遭受持续的长久的打击，而谶纬之学自然就会成为首当其冲的打击对象，这等于公开砸碎了研习今文经学的门阀、世家和士人们的“饭碗”，断绝了他们的仕途，是生死攸关的大事，他们当然要誓死捍卫。
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